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隋使长孙晟在北周时曾送千金公主入突厥后，并且长时间留居突厥，他了解沙钵略可汗与阿波可汗、达头可汗之间不和，建议隋文帝采取“远交近攻，离强合弱”的策略。隋文帝采纳他的策略，派元晖出伊吾道结交西面的达头可汗和东面的处罗侯，以分化沙钵略可汗的力量。
两年后，隋文帝乘突厥内部矛盾加剧与灾荒严重之机，命杨爽、河间王杨弘、豆卢勤与秦州总管窦荣定等并为行军元帅，率军兵分八路反击突厥。杨爽率领李充等四将出朔州道，与突厥沙钵略可汗相遇白道。杨爽听从李充建议，令李充与李彻领精骑五千，乘突厥军尚未准备时突袭。
突厥军遭遇隋军突击而惨败，沙钵略可汗丢盔弃甲，士兵死亡大半。杨弘率豆卢勤等人率数万隋军出灵州道，与突厥军遭遇，战而胜之。幽州总管阴寿率步骑数万出卢龙塞，击破高宝宁，平定和龙地区。
五月，隋将窦荣定率九总管、步骑兵三万出凉州道，在高越原与突厥阿波可汗发生高越原之战。窦荣定数次击败阿波可汗军。长孙晟乘机施离间计，争取阿波可汗归隋，以孤立沙钵略可汗。
八月，隋朝派遣高颎出宁州道，虞庆出原州道，两路出击突厥。
沙钵略可汗得知阿波可汗归隋，率军袭破其居地。阿波可汗逃归达头可汗后率军回击沙钵略可汗。贪汗可汗因与阿波可汗友善，被沙钵略可汗废黜，也逃归达头可汗。
至此，突厥内部矛盾不断加深，沙钵略可汗与阿波可汗相互攻伐不已，最后阿波可汗领有大漠西部与龟兹、铁勒、伊吾等西域地，建国西突厥汗国，以阿波可汗和达头可汗为可汗。
而原突厥汗国改称东突厥汗国，依旧以沙钵略可汗为可汗。同年突厥苏尼部万余人归隋，达头可汗降隋。二年春，沙钵略可汗在受到西突厥与隋朝的压力下，向隋朝请求援助援军下击败阿波可汗，并且向隋求和称藩，表明“天无二日，土无二王，大隋皇帝，真皇帝也。”
东突厥沙钵略可汗去世。由于其子雍虞闾懦弱，沙钵略可汗遗命立自己的弟弟处罗侯为可汗，即莫何可汗。
隋文帝遣长孙晟赐莫何可汗旗鼓。东突厥莫何可汗得隋旗鼓，西击西突厥。西突厥部众以为隋出兵助莫何，多不战而降，并且生擒阿波可汗。莫何可汗去世后，其子雍虞闾立，即都蓝可汗。莫何可汗的另一子染干，号突利可汗，居北方。
隋开皇八年十二月至次年二月，在隋统一战争中，隋文帝杨坚以水陆大军五十余万，攻灭江南陈朝的大规模渡江作战，次年四月南朝陈亡，隋朝一统天下。
隋末唐初，启民可汗之子始毕可汗即位成为东突厥的可汗。当时中原的隋朝政府因为起义军和军阀此起彼伏，混战不休，因此无暇顾忌北方的突厥部落。始毕可汗乘机脱离了隋朝，开始迅速崛起。他历次发兵南下，掠夺边境各州，甚至将隋炀帝围困在代州，后来幸亏李世民和王世充分别率部解围才使隋炀帝幸免于难。北方各地的起义军为了稳定后方，纷纷与东突厥结盟，并称臣纳贡。东突厥也愿意支持刘武周、梁师都、窦建德、刘黑闼、高开道等割据势力，以图将来在中原增加影响力。