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凉州刺史张寔不敌刘聪，含恨而败，退兵至武威郡，郁郁成疾，并州刺史刘琨被石勒击败，祖逖挫败刘曜前军，公孙瑾终因年事以高，不能继续担任威晋将军和讨虏都督表辞于司马睿，上疏说到：“臣年老无多，昔攻破王弥，击退胡虏，观天下糜烂，瑾纵有威晋之心，却无退贼之力。今举家子公孙成于琅琊王，公孙成之才胜瑾两倍有余，将其历练时日，必可为安一方。”司马睿看到公孙瑾奏疏后下奏不复。司马睿向魏宗占卦，魏宗占后对司马睿言：“晋失天命，二帝遭俘。速作帝尊，可谋复国。”司马睿听从，立封魏宗为太师。建兴五年元月司马睿携带臣下隶属在建康大肆封官。
三月初四，焦崧、陈安进犯陇石，与刘曜相持，雍州、秦州之民十之八九死于战乱。焦崧、陈安进逼上邽，南阳王司马保派使者告急。任金城太守窦涛为轻车将军，率领威远将军宋毅以及和苞、张阆、宋辑、辛韬、张选、董广率军两万赴援。军队进驻新阳，晋愍帝驾崩的消息传来，所有晋臣听闻穿孝服举哀，聚哭三日。南阳王司马保图谋称帝。
破羌都尉张诜对张寔说：“南阳王自称帝号，上天不授其命，德行不足。此非济时救难之人。司马睿德才兼备，先帝依靠属意之人，宜上表称颂圣德，劝其登帝位。”
张寔听从其意。于是向天下发送檄文，推崇司马睿为晋朝皇帝，派牙门蔡忠奉表章到江南，劝司马睿称帝。
三月初九司马睿进晋王位，四月改元建武，晋旧臣张寔、刘琨、段匹磾、刘翰、祖逖、祖约、王敦、王导、谢裒、刁协、公孙成、关陂、陶侃、桓彝、温峤、庾亮、阮放、刘遐、应詹、卞壸、郗鉴、陆晔、司马羕、王舒、苟悦、曹炳、魏宗、慕容廆、戴渊、熊远、刘靖、刘隗等一百八十人遣使上书劝进。
十日后司马睿登基称帝，改元太兴。凉州张寔依旧用建兴年号。受百官朝贺时，司马睿再三请王导同坐帝座受贺，王导再三辞让不敢当，说道：“君臣有别，臣乃草木帝乃日月，百姓是视之日月还是视之草木？”司马睿听闻于是追加王导总百揆，揽朝政。入朝不趋，赞拜不名。王导不肯受，晋元帝司马睿说到：“公不可再辞，乃必受也。”王导只好拜谢司马睿。
司马睿布诏封王导骠骑大将军、开府仪同三司，封武冈侯。使王敦担任大将军、江州牧，封汉安侯。统辖江荆二州郡，自收贡赋，都督中外诸军事。王彦为右仆射。王悦为会稽郡郡司马（郡丞）。王才追赠抚军长史，平东伯，王协为抚军参军。王正为尚书郎。王劭任东阳太守。王会为副御史。王荟任吏部郎，出任吴郡太守。命王羲之任秘书郎。王籍之任安成太守。又赐王敦官印二百枚，可自行委任太守县令等职。命王导可自行决定六品以下官员任免。
刁协任左仆射、尚书令。戴渊赐前将军、尚书、中护军。令公孙成作豫州长史，继其父公孙瑾威晋将军，讨虏都督。封刘隗御史中丞，兼任侍中，祖逖任雍、梁、兖、豫、青五州诸军事，豫州牧。桓彝迁中书郎、尚书郎。庾亮任领著事，于东宫侍讲。温峤拜散骑常侍。兼任太子中庶子。
公孙成听闻成命，收拾行囊含泪对公孙瑾说道：“城父，成将远去，幼子只能交予城父照料。”
公孙瑾言：“汝去祖逖处，凡事多询问。兵识如若不一，应先遵祖公之意。后私下在言。今将此书交予汝，此书乃昔日邓艾相赠。吾正是以此书中兵阵大破王弥十万之众。”