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每支球队在比赛期间将住在“球队大本营“。整个比赛期间，球队将在以下地点受训并居住，前往大本营外的比赛场地。从66个候选大本营的名单中，24支参赛球队必须在2016年1月31日前确认他们的选择。
按照规则，24支球队将于2015年12月12日在巴黎进行抽签仪式，球队按照欧足联国家队排名被分为四档。东道主法国队自动被分入A1的位置，卫冕冠军西班牙队同样自动进入一档，其他22支球队按照各自在该积分榜上的排名来分档。
欧洲杯24强分档一览:
分档球队
第一档
法国，西班牙，德国，葡萄牙，英格兰，比利时
第二档
意大利，俄罗斯，瑞士，奥地利，克罗地亚，乌克兰
第三档
捷克、瑞典，波兰，罗马尼亚，斯洛伐克，匈牙利
第四档
土耳其，爱尔兰，冰岛，威尔士，阿尔巴尼亚，北爱尔兰
2015年12月12日晚上18点，决赛抽签仪式在巴黎会议宫举行。24支出线球队分入六个组，每组四支球队，东道主法国自动位列A1，剩下的球队分入第一档的五个球队或第二、三、四挡的六支球队中。上届冠军西班牙分入第一档，另外22支球队根据资格赛结束后，于2014年10月14日更新的欧洲足联积分排名分组。
组别1档2档3档4档
A组法国瑞士罗马尼亚阿尔巴尼亚
B组英格兰俄罗斯斯洛伐克威尔士
C组德国乌克兰波兰北爱尔兰
D组西班牙克罗地亚捷克土耳其
E组比利时意大利瑞典爱尔兰
F组葡萄牙奥地利匈牙利冰岛
主条目:2016年法国欧洲杯球迷骚乱
英格兰与俄罗斯球迷冲突
开赛前一天，马赛当地街头混混与英格兰球迷爆发冲突。警方利用催泪弹驱散人群，逮捕了一名当地混混和一名英格兰球迷。6月11日英格兰对阵俄罗斯1-1平局的比赛当天，比赛前后当地再度发生街头暴力冲突。一名英格兰球迷据报因伤情严重送院医治，另有数十人受伤。次日，欧洲足联开始针对比赛上种族主义行为和燃放信号弹等“难以接受“的场面，向俄罗斯足球总会展开纪律调查程序。6月14日，欧足联开出罚单，俄足协被处以15万欧元的罚款以及“缓期逐出欧锦赛“(缓刑)的处罚，并发布声明，称若再次爆发暴力行为应取消两支球队的参赛资格。
尼斯球迷冲突
6月11日，北爱尔兰对波兰赛事前夕，双方球迷遭当地人及法国球迷袭击，多人受伤。冲突发生的地点在尼斯著名的海滨大道上，大量北爱尔兰队及波兰队球迷来到这里，等待两队之间的比赛。其时，在马塞纳广场附近，一伙尼斯当地青年试图挑起两队球迷间的矛盾，但两队球迷并没有发生冲突，而是共同将矛头指向这伙当地青年。场面一度陷入混乱，最终出动了防暴警察才将冲突平息下来。